Como parte de la estrategia para fortalecer la base científica de Chile, el Programa puso en marcha un subprograma de Inserción de Investigadores en la Academia. Esta línea financia a instituciones de investigación para que contraten un grupo conformado por 2 ó 3 jóvenes doctores para crear o fortalecer un área de investigación específica. PBCT cofinancia su contratación durantelos 3 primeros años, mientras que la institución se compromete a mantener contratados a los investigadores por al menos otros tres años adicionales. La innovación de esta línea es que plantea que aunque los jóvenes investigadores deben ejecutar sus propios proyectos científicos, incluso de disciplinas distintas, todos ellos apuntarán al cumplimiento de los objetivos de un plan maestro para un área estratégica, presentado previamente por la institución como parte de su postulación.De esta forma, la inserción de un grupo de jóvenes científicos bajo un esquema de investigación colaborativa permite un impacto mayor que si sehiciera de manera individual. El programa constituye una importante plataforma de lanzamiento para el desarrollo de científicos jóvenes y también para áreas innovadoras en la investigación. De esta forma resulta de vital trascendencia para la construcción de la capacidad científica de Chile. En especial considerando que la enriquece con la energía y talento de jóvenes investigadores, capaces de desarrollar proyectos significativos en áreas emergentes de las ciencias, y con impactos relevantes parael país. Esta iniciativa ha sido valorada por los propios usuarios, quienes han afirmado que este tipo de mecanismo permiten revertir el deterioro paulatino que se viene produciendo en los planteles de investigación de las universidades, donde los recursos humanos calificados escasean por la poca renovación de gente | 
