Cada programa posee especificaciones particulares relacionadas con el tipo de beneficiario:

Fondecyt

• Fondecyt regular: Persones naturales y/o instituciones
• Concurso Incentivo a la Cooperación Internacional: Investigadores residentes en el extranjero
• Concurso Posdoctorado: Personas naturales nacionales o extranjeras residentes en Chile
• Líneas complementarias: Grupo de investigadores de una misma institución.
• Fondap: Instituciones académicas y/o sin fines de lucro
  

Fondef

• Concurso de I+D: Instituciones nacionales sin fines de lucro. Adicionalmente deberán participar empresas como contrapartes del proyecto, aportando un mínimo del 20% del costo total de éste.
• Proyectos de Transferencia tecnológica: Instituciones de investigación y desarrollo sin fines de lucro, que se hayan adjudicado proyectos FONDEF de I+D.
• Programa de Ciencia y Tecnología en Marea Roja: Personas jurídicas chilenas
• Programa Sistema de Información en Ciencia, Tecnología e Innovación Tecnológica: personas jurídicas nacionales, con o sin fines de lucro.
• Tecnologías de Información y Comunicación Efectivas para la Educación: personas jurídicas nacionales sin fines de lucro, que tengan como alguna de sus actividades principales la investigación y desarrollo.
• Hacia una Acuicultura Mundial: personas jurídicas nacionales sin fines de lucro, que tengan como alguna de sus actividades principales la investigación y desarrollo.
  

Explora

• Concurso Nacional de Proyectos de Divulgación y valoración de la Ciencia y la Tecnología: Científicos, académicos, divulgadores y otros profesionales. También pueden participar instituciones públicas y privadas sin fines de lucro.
• Concurso Nacional de Apoyo a la Realización de Eventos de Divulgación y Valoración de la CyT: Científicos, académicos, divulgadores y otros profesionales. También pueden participar instituciones públicas y privadas sin fines de lucro.
• Concurso Nacional de Apoyo a la Realización de Eventos de Divulgación y Valoración de la CyT: Instituciones públicas y privadas sin fines de lucro. También pueden postular personas naturales con apoyo de una institución de este tipo.
• Concurso Nacional de Clubes EXPLORA: Profesores de enseñanza básica y media.
• Concurso Nacional "Una Actividad para Explorar": Estudiantes y profesores.
• Concurso Nacional de Gráfica: Estudiantes y profesores
• Concurso Nacional de Fotografía para científicos e investigadores "Imágenes de la Ciencia": Científicos y académicos.
• Concurso Nacional "Explorando a Ignacio Domeyko": Estudiantes de enseñanza media.