Tres procesos principales e interactuantes se pueden distinguir en el desarrollo y accionar del Sistema Científico y Tecnológico Nacional: la investigación, la innovación y difusión, y la formación de recursos humanos. Cada uno posee características propias, demandan políticas, instrumentos y financiamientos diferenciados.

Los agentes principales de éstos procesos son las instituciones que formulan políticas, las instituciones que realizan investigación e innovación, las que favorecen la formación de recursos humanos especializados, y las instituciones que financian actividades de investigación. Todo esto se logra a través de la articulación de tres grandes sectores: Red de gobierno, Universidades e institutos y los Organismos privados nacionales e internacionales.