Este sector realiza la mayor parte de la investigación fundamental y alguna parte de la aplicada y de desarrollo tecnológico. Esta actividad se financia mediante aportes directos del Estado o fondos concursables, aportes de las empresas y recursos provenientes del extranjero. El total de lo ejecutado representa una cifra cercana a los 115 mil millones de pesos equivalente a un 46,9% del gasto nacional de investigación y desarrollo.

Dentro de este sector las universidades tradicionales o afiliadas al Consejo de Rectores son las que realizan la mayor parte de la investigación, sin embargo las universidades privadas se han incorporado paulatinamente a esta actividad llegando a desarrollar esfuerzos importantes varias de ellas.

La mayor parte del Personal C&T se forma en las universidades y además contribuyen a su autofinanciamiento mediante labores de Prospección y Servicios a solicitud del sector público y privado.