Publicado 17-08-2006

| Concurso | % | Miles de pesos |
| Total presupuesto FONDEF 2006 | 100% | $13.160.076 |
| Investigación y Desarrollo | 83% | $10.889.008 |
| Programa de Transferencia Tecnológica | 4% | $ 486.348 |
| Programa Genoma en Recursos Naturales Renovables | 0% | $ 32.679 |
| Programa TIC EDU | 5% | $ 666.957 |
| Programa de Ciencia y Tecnología en Marea Roja | 0% | $ 0 |
| Programa Hacia una Acuicultura Mundial ( HUAM ) | 5% | $ 669.401 |
| SEPARI – Centro Avanzado de TIC, Valparaíso | 2% | $ 207.841 |
| Fondo Nacional de Investigación y Desarrollo en Salud – FONIS | 2% | $ 207.841 |