La acuicultura es un sector clave para la economía chilena como lo establece el informe del Consejo Nacional de Innovación para la Competitividad. Es una actividad con un rápido desarrollo debido a las ventajas comparativas que ofrecen nuestras aguas y productividades marinas.
Desde 1992, año de su creación, Fondef ha financiando un alto número de proyectos de I+D para su aplicación a la industria acuícola nacional. En 2001 el Gobierno de Chile inició el Programa de Innovación y Desarrollo Tecnológico, estableciendo para el uso de sus recursos monetarios una focalización en cuatro áreas: Biotecnología, TIC, Tecnologías más limpias y Gestión de Calidad. En respuesta a esta política tecnológica, Fondef creó en el año 2002 el Programa “Hacia una Acuicultura de Nivel Mundial”, como una iniciativa de gran alcance, de largo plazo y que fomentaría e impulsaría a una alta conectividad entre los participantes.