A inicios del año 2001, se perfiló en Fondef la necesidad de profundizar iniciativas basadas en la experiencia acumulada y la maduración de la actividad de investigación y desarrollo en el conjunto del sistema. Por ello, se coordinaron convocatorias a concursos temáticos destinados a resolver desafíos nacionales, en un sector determinado, a fin de lograr la consolidación de masa crítica y proyección internacional.
Gracias a aportes iniciales del BID, gestionados por el Ministerio de Economía, se lanzaron los siguientes programas:
Actualmente, estos Programas continúan desarrollándose en Fondef, con financiamiento del Fondo de Innovación para la Competitividad o Fondos de CONICYT.