Es un Comité Técnico de alta calificación, experiencia y reconocimiento en los ámbitos científico y tecnológico y de negocios, que tiene como objetivo contribuir a lograr la misión de Fondef, y está integrado por representantes de los sectores académicos, empresariales y de negocios.
| COMITÉ | INTEGRANTES | INSTITUCIÓN EN LA QUE TRABAJA |
| Comité Agropecuaria | Hugo Campos de Quiroz | INGENIERO AGRONOMO, INDEPENDIENTE |
| Javier Valenzuela Carrasco | MEDICO VETERINARIO,INDEPENDIENTE | |
| Jorge Castro Salas | PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DE CHILE | |
| Patricia Anguita | FIA | |
| Comité Forestal | María Angélica Espinosa Urmeneta | UNIVERSIDAD SANTO TOMÁS |
| Julio Torres Cuadros | UNIVERSIDAD DE CHILE | |
| Comité TIC | CHRISTIAN PACCOT NIGOCHOSSIAN | EXCELSYS |
| WALTER GROTE HAHN | UNIVERSIDAD TÉCNICA FEDERICO SANTA MARÍA | |
| OSVALDO SCHAERER DE LA VEGA | PLUS CONSULT | |
| Comité Manufactura | FRANCISCO JAVIER ARRIAGADA HOUSE | ARCADIS CHIEL |
| GERARDO RIQUELME DELGADO | INGENIERO CIVIL QUIMICO, ASESOR | |
| CARLOS QUEZADA FERNÁNDEZ | CENTRO DE INGENIERÍA DE POLÍMETROS LTDA. | |
| GONZALO JORDÁN FRESNO | AGRICOLA EL BOLDO LTDA. | |
| Comité Pesca I | DANIEL ANGEL NIETO DIAZ-MUÑOZ | SUSTENTABLE SALMÓN |
| VÍCTOR MARTÍNEZ MONCADA | UNIVERSIDAD DE CHILE | |
| MIGUEL ARRIAGADA | MEDICO VETERINARIO,INDEPENDIENTE | |
| PEDRO ZAMORANO MOLINA | UNIVERSIDAD DE ANTOFAGASTA | |
| Comité Pesca II | GUILLERMO MORENO PAREDES | CONSULTOR PESQUERO, INDEPENDIENTE |
| JULIO VASQUEZ | UNIVERSIDAD CATÓLICA DEL NORTE | |
| PAULINA URIBE CAMPOS | INDEPENDIENTE | |
| Comité Agua y Energía, Infraestructura y Medio Ambiente | KARIN VON OSTEN YAÑEZ | UNIVERSIDAD DE CHILE |
| MARÍA PÍA MENA | UNIVERSIDAD DE CHILE | |
| RAQUEL ALFARO FERNANDOIS | UNIVERSIDAD DE CHILE | |
| Comité Salud | LEANDRO BIAGINI ALARCON | MEDICO CIRUJANO, INDEPENDIENTE |
| JORGE MARTÍNEZ WINKLER | INTA | |
| ANDRÉS JOAQUÍN STUTZIN SCHOTTLANDER | UNIVERSIDAD DE CHILE | |
| MARÍA INÉS BECKER CONTRERAS | BIOSONDA | |
| Comité de Educación | OSCAR ESPINOZA DÍAZ | CENTRO DE INVESTIGACIÓN EN EDUCACIÓN |
| ARACELI JAQUEIH NIETO | INDEPENDIENTE | |
| RANDALL OMAR LEDERMANN MOLINA | INDEPENDIENTE | |
| Comité TIC – EDU | ANA MARÍA ROSENDE | PAIS DIGITAL |
| SONIA ZAVANDO BENÍTEZ | INDEPENDIENTE | |
| Comité Marea Roja | CARLOS ALFONSO VALENZUELA BONOMO | UNIVERSIDAD DE CHILE, INTA |
| JOSÉ MIGUEL TRONCOSO KIRSTEN | EWO INNOVACION | |
| MARCO SALAMANCA ORREGO | UNIVERSIDAD DE CONCEPCIÓN | |
| Comité Genoma | HUGO CAMPOS DE QUIROZ | MONSANTO CHILE |
| ALEJANDRA BUSTOS | SYNGENTA | |
| Comité HUAM | JUAN FERMIN GUTIÉRREZ PEDREROS | INGENIERO DE EJECUCIÓN EN PESCA |
| LORENA FABIOLA BUROTTO GONZALEZ | BIOLOGA MARIANA, INDEPENDIENTE | |
| ANDRÉS FÉLIX HOYL SOTOMAYOR | SUBSECRETARÍA DE PESCA MM EE | |
| Comité VIU | ROBERTO FUENZALIDA GONZÁLEZ | INGENIERO CIVIL INDUSTRIAL |
| GASTON MARTÍNEZ GODOY | CONSULTOR TECNOLÓGICO | |
| CHRISTIAN PACCOT NIGOCHOSSIAN | EXCELSYS | |
| MANUEL ANDRÉS ARAYA ZUÑIGA | ROCHE MOLECULAR & APPLIED SCIENCE | |
| Comité Bioenergía | ANDRÉ LAROZE BAREYRE | INGENIERO FORESTAL |
| VIVIANA PAZ ÁVALOS | MINISTERIO DE ENERGÍA | |
| Comité PDACH | DANIEL ANGEL NIETO DIAZ-MUÑOZ | SUSTENTABLE SALMÓN |
| LIDIA VIDAL VIDAL | CONSULTORA INDEPENDIENTE | |
| Comité Alimentos Funcionales | INÉS MARÍA MONTALVA RODRÍGUEZ | MÉDICO VETERINARIO |
| MARTÍN GOTTELAND | INTA | |
| JORGE LAZCANO CUADRO | CONSULTOR INDEPENDIENTE |