Es el cuerpo colegiado que asesora en diversos temas al Programa Regional. El Consejo Asesor está conformado por personalidades designadas por CONICYT. Para dicha designación se consideran aspectos como la trayectoria y la excelencia académica, siendo necesario que algunos de los integrantes cuenten, además, con experiencia regional.
En dicho Consejo el Presidente de CONICYT cumple con el rol de Presidente del Consejo y la Directora del Programa Regional de Investigación Científica y Tecnológica con el de Secretaria Ejecutiva. Actualmente, el Consejo Asesor cuenta con seis integrantes que representan el mundo de la investigación, al ámbito de desarrollo regional, de la educación y del Gobierno.
| Servet Martínez Aguilera | Consejero |
| Bruno Phillipi Irarrázabal | Consejero |
| Lucía Santa Cruz Sutil | Consejera |
| Juan José Ugarte Gurruchaga | Consejero |
| Salvador Valdés Prieto | Consejero |
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