El Programa FONDAP tiene por objeto promover el trabajo multidisciplinario en grupos de investigadores en ciencia, tecnología y ciencias sociales en aquellas áreas temáticas donde la ciencia nacional ha alcanzado un alto nivel de desarrollo, se cuenta con un número significativo de investigadores con productividad demostrada y pueda hacer una contribución significativa en problemas pertinentes para el país, a través de la creación y consolidación de Centros de Excelencia en Investigación.
Estos centros tienen por objeto: Realizar investigación de excelencia, fomentar la investigación asociativa, formar capital humano avanzado, establecer redes de colaboración tanto nacionales como internacionales y,difundir los resultados a la comunidad científica y a la sociedad
El llamado a concurso del año 2009 se orientó a grupos de investigadores con una productividad demostrada, cuya investigación se focaliza en un área, un problema o un conjunto de problemas científicos y cuyos resultados de investigación tendrán un impacto tanto a nivel nacional como internacional y cuya realización queda mejor asegurada si se les aborda con excelencia, en forma multidisciplinaria, si ello es necesario, y con financiamiento a largo plazo.