Desde 1991 Fondef ha fortalecido y aprovechado las capacidades científicas y tecnológicas de universidades, institutos tecnológicos y demás organizaciones orientadas a la investigación para incrementar la competitividad de la economía nacional y contribuir a mejorar la calidad de vida de todos los chilenos y chilenas.
Este instrumento entregaba financiamiento a instituciones y organizaciones sin fines de lucro cuyo objetivo principal es la ejecución de I+D que presentaban proyectos en conjunto con empresas quienes aportaban monetariamiente a su ejecución.
Fondef realizó 19 llamados a concursos, siendo la última convocatoria el año 2011.
En el año 2012, el concurso anual de I+D di paso al Concurso IDeA. No obstante, sus proyectos adjudicados en el último tiempo se mantienen vigentes.