El Programa de I + D de Fondef financia proyectos en áreas que evolucionaron desde las seis iniciales con las que se creó FONDEF. De esta manera se amplió la cobertura de acción y se produjo una respuesta a las necesidades del país. Además, está en permanente estudio la incorporación de otras áreas.
Estas han sido generadas a partir de tres criterios esenciales:
- Aquellas que han sido las bases tradicionales de la economía chilena (como es el caso de Recursos Naturales)
- Aquellas de alto dinamismo en la construcción de valor (como TIC, Manufactura)
- Las de alto impacto social (Salud y Educación).
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